ในช่วงปี พ.ศ. ๒๕๒๓ หลวงพ่ออินทร์ถวาย สันตุสสโก ได้มีโอกาสเที่ยวปลีกวิเวกธุดงค์จากวัดป่าบ้านตาด เพื่อหาความสงบให้จิตใจ มายังบริเวณเขต อ. นายูง จ.อุดรธานี  เห็นว่าเป็นสถานที่สัปปายะเหมาะสำหรับการปฏิบัติภาวนา ซึ่งในขณะนั้นเป็นพื้นที่อยู่ในเขตป่าสงวนแห่งชาติ ป่านายูง และป่าน้ำโสม มีสภาพทรุดโทรม และเป็นพื้นที่ป่าที่ได้รับสัมปทานไปแล้วหลายวาระ ประกอบกับเป็นพื้นที่สีแดง อยู่ในเขตปฏิบัติการณ์ของพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย น่าจะได้รับการฟื้นฟูทั้งทางรูปธรรมและนามธรรม โดยที่องค์หลวงพ่อได้เคยวิเวกมาในแถบนี้ ตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๑๖ เป็นต้นมา หลายวาระด้วยกัน

​

จนกระทั่งเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๒๓ ได้ธุดงค์มาอีกรอบหนึ่ง ในครั้งนี้ ได้ธุดงค์มาปักกลด ณ บริเวณต้นกระท้อน ริมห้วยราง (ตรงบริเวณที่เป็นโรงครัวในปัจจุบัน) เห็นว่าเป็นสถานที่สัปปายะ เหมาะสมกับการปฏิบัติสมณ-ธรรม จึงได้นำคณะศรัทธาญาติโยมพุทธบริษัท ร่วมกันก่อสร้างเป็นสำนักปฏิบัติกรรมฐานดำเนินตาปฏิปทา

องค์พ่อแม่ครูบาอาจารย์หลวงปู่มั่น ภูริทัตโต

 

แต่องค์หลวงตาพระมหาบัวได้เรียกให้หลวงพ่อ กลับไปช่วยกิจธุระยังวัดป่าบ้านตาดก่อน กระทั่งกาลต่อมาหลวงพ่อจึงได้กลับมายังเขตอำเภอนายูงอีกครั้ง และได้ร่วมกับศรัทธาญาติโยม ในท้องที่หมู่บ้านนาคำน้อย ร่วมก่อตั้ง “วัดป่านาคำน้อย” ขึ้น โดยองค์หลวงตาได้เมตตาตั้งชื่อวัดให้ว่า “วัดอุดมมงคลวนาราม”

​

วัดป่านาคำน้อย ได้รับการตั้งเป็นวัดเมื่อวันที่ ๑๓ มิถุนายน ๒๕๒๙ และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ ๑๘ มกราคม ๒๕๓๑ ตามบัญชีรายชื่อวัดที่ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา งวดที่ ๖ ประจำปี ๒๕๓๐ ลำดับที่ ๓๖ วัดนาคำน้อย ตำบลบ้านก้อง อำเภอน้ำโสม (ในขณะนั้น) จังหวัดอุดรธานี

 

ขนาดวิสุงคามสีมากว้าง ๔๐ เมตร ยาว ๘๐ เมตร ดังประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ ๑๐๕ ตอนที่ ๑๔ วันที่ ๒๒ มกราคม ๒๕๓๑ กองพุทธสถานกรมการศาสนา กระทรวงศึกษาธิการ วันที่ ๙ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๑ เพื่อดำเนินตามแนวทางที่องค์หลวงตาพระมหาบัว ญาณสัมปันโน ได้เมตตาชี้แนะไว้ว่า

“สถานที่นี้เหมาะสำหรับผู้สนใจภาวนา เพราะเป็นป่า เป็นเขา สงบสงัด”

​